使用石墨加热器前应检查低进高出石墨加热器冷却管的连接方式及保温。应用时，首先打开石墨加热器冷却水出口阀，然后慢慢打开冷却水进气阀，检查表压是否在正常范围内。又根据工艺要求，对注水阀进行调节，使其达到理想的冷却效果。

在使用石墨加热器时，应控制温差(5度)，以避免石墨加热器结垢。当冷却水换热器石墨低于0度时，另一个绝缘过程和工作在换热器外部和入口处的水蒸气可以避免结冰。如需长期停车，应使用氮气或压缩空气对管式换热器内的冷却水施加压力，以避免其膨胀。
在石墨热交换装置中，当另一端压缩液体介质时，应进行防腐处理，石墨加热器应与外界隔离。如果石墨加热器传热效果不好，在使用或清洗前应打开排气孔，排除不凝气体。操作完成后，关闭冷却水进口阀，立即清洗石墨加热器和系统，保持清洁。